Por Sara Los bilbaínos vencieron al R. C. D. Espanyol por 1-0, con una brillante actuación de Iker Muniain, que realizó un soberbio encuentro provocando los aplausos y la admiración del graderío, maravillado por la técnica y los regates del jugador navarro. A veces, la ficha de jugador incluía un puesto de trabajo. En su participación en la Liga finaliza en octavo puesto con 54 puntos (14V 12E 12D) fuera de los puestos que permitían la participación europea aun estando entre los puestos 3.º y 7.º desde las jornadas 13 a la 37 de la temporada. En ese mismo mes de enero, el Athletic también derrotó en liga al Valencia C. F. (3-2) y al Atlético de Madrid (2-3), además de remontar un resultado en contra frente al Málaga C. F., que finalizó con victoria rojiblanca por 3-2. A partir de febrero el Athletic dio un bajón considerable y la buena racha terminó, debido al gran desgaste físico realizado en el mes de enero, en el que los leones jugaron nueve partidos de liga y Copa con apenas tres o cuatro días de margen entre uno y otro.
Pero los buenos resultados se acabaron pronto, ya que tras un inicio de liga esperanzador el equipo pegó un bajón y entró en una mala racha que duro casi hasta final de año, en la que se cayó eliminado de la Copa del Rey a las primeras de cambio frente al Rayo Vallecano y sufrió en los partidos de UEFA disputados contra el Werder Bremen y C. D. Nacional, en los que se perdió 1-3 frente a los alemanes y se empató 1-1 ante los portugueses, que previamente cayeron por 2-1 en San Mamés. La eliminación de tres equipos de la Primera División supuso un gran paso adelante, ya que en los últimos años el Athletic no había eliminado a ningún equipo de Primera División en dicha competición, a excepción de la temporada anterior, en la cual eliminó al R. C. D. Espanyol en la tanda de penaltis. De hecho, en el partido de vuelta en Berna (Suiza), el jovencísimo delantero marcó uno de los dos goles que dio al Athletic el pase a la cuarta y última ronda previa de dicha competición.
En materia de fichajes, Colo-Colo se reforzó con el seleccionado uruguayo Juan Guillermo Castillo (que fue parte de la selección uruguaya, que obtuvo el cuarto lugar del Mundial de Sudáfrica 2010 y que en esa temporada 2011, fue parte del plantel de la selección uruguaya, que ganó la Copa América 2011 disputada en Argentina.), que estuvo solo esa temporada en el club albo, siendo titular indiscutido durante gran parte de la temporada. El 28 de febrero del 2009 tuvo lugar la ida de la semifinal de la copa, donde el Athletic cayó por 2-1 frente al Sevilla F. C.. De los 37 hinchas que viajaban en el autobús 16 perdieron la vida en ese lugar y 21 heridos que fueron trasladados a hospitales más cercanos. Por otro lado, nuevas promesas se unirían al primer equipo; Mikel San José regresaba al Athletic después de haber estado dos temporadas jugando en el filial del Liverpool FC, el central de 20 años llegaba en calidad de cedido con una opción de compra unilateral de 4 millones, que podría variar según objetivos. Real Valladolid Promesas: (1973-1991) Cambio de denominación, incluyendo el nombre del primer equipo añadiendo la palabra Promesas para indicar su condición de equipo filial.
La temporada 2009/10 fue una temporada de sucesiones, que estuvo marcada por las despedidas de viejas glorias y la llegada de jóvenes promesas. A esto se le sumó el tener que enfrentarse de nuevo a los cuatro grandes de la liga, teniendo que disputar la vuelta de la semifinal en medio de esos cuatro partidos tan complicados. Antes de disputar la vuelta de la semifinal contra el Sevilla F. C., el Athletic se enfrentó a este mismo equipo en liga, donde el entrenador del club rojiblanco, Joaquín Caparrós, decidió a alinear a un equipo plagado de suplentes para reservar a todos los titulares para la semifinal de la copa que se jugaba cuatro días después. Entre una ronda y otra, se colaba por medio la final de la Supercopa, a la que el equipo dirigido por Joaquín Caparrós dio la impresión de disputar con mala gana y con la única intención de quitársela de encima cuanto antes, camiseta barça la Europa League acaparó toda la prioridad del técnico andaluz. Pero pronto llegarían las primeras decepciones, ya que el Athletic perdió en su debut en la nueva Europa League (nueva versión de la antigua Copa de la UEFA) contra un equipo a priori asequible, el BSC Young Boys suizo.