Por Sara 
En el Torneo Apertura 2011, Santa Fe comenzó su participación en la liga disminuido por las dificultades económicas producto de la falta de patrocinio, pero integrando una nómina con refuerzos de renombre en el fútbol colombiano como Ariel Carreño, Gerardo Bedoya y Sergio Galván. Sin embargo, otros tantos alegaron que el despido de Boyacá fue producto de la mala relación que él tenía con las directivas en las últimas semanas. El 19 de septiembre de 2011 el técnico Arturo Boyacá fue destituido de su cargo, según la dirigencia cardenal por los malos resultados obtenidos en las últimas fechas y al mal manejo que este le estaba dando al equipo. Sin embargo esto no se vio reflejado a lo largo del torneo, lo que llevó a la renuncia del técnico Néstor Otero después de caer como visitante 2-0 frente a América de Cali en la fecha 7. Tomó el control del equipo para las últimas 11 fechas un viejo conocido de las divisiones inferiores, Arturo Boyacá. Para el segundo semestre del año, Arturo Boyacá fue ratificado en el banco de Santa Fe. En aquel año, el Alavés quedó campeón del Campeonato de Vizcaya, lo que le dio de nuevo una plaza para disputar la Copa del Rey, aunque esta vez cayó en 1/16 frente al Racing Club de Ferrol.
Luego de esto Santa Fe recibiría su primera derrota de la temporada como visitante, contra el que sería la postre el líder del torneo en su fase todos contra todos, el Deportes Tolima; por marcador de 2-1. Luego obtiene su primera victoria del año, contra el que sería al final el colero de la tabla, el Cúcuta Deportivo. Durante el Torneo Apertura 2010, después de dejar al equipo en sexta posición con 30 puntos y sin posibilidad de clasificar a las semifinales del campeonato, que en ese momento había sufrido una reestructuración en el formato de clasificación, equipacion españa debido a la disputa en el mes de junio de la Copa Mundial de Fútbol de ese año. ↑ «Los debuts en la Copa del Rey (Parte 2)». Estadística e Historia del Fútbol Astur. ↑ «Irlanda sorprende a Alemania». ↑ «Copa Mundial de la FIFA México 1970™: Perú». Álvaro Rubio formó parte de la selección sub-20 de España que ganó el Mundial de dicha categoría en el año 1999. Disputó 55 minutos en la victoria 1-3 frente a Honduras. Ya en el trámite del partido los locales se fueron en ventaja al minuto 25 de juego luego de un gol de tiro libre ejecutado por el juvenil Kévin Rendón sin embargo faltando dos minutos para finalizar la primera etapa y tras un cobro de tiro de esquina, fue el también juvenil Julián Quiñones el encargado de poner las tablas en el marcador a la espera de lo que pudiera suceder en el partido de vuelta.
Sin embargo, Santa Fe hizo valer su condición de local y ante 37.000 espectadores, fue el encargado de poner cifras claras en el tanteador por intermedio de uno de los jugadores más destacados durante la campaña, el delantero Jonathan Copete, quien a los 71 minutos de juego recibió de cabeza un balón de tiro libre ejecutado por el argentino Omar Sebastián Pérez, dio así la ventaja al cuadro cardenal en la serie global con el que, a la postre, fue el gol que acabó con una sequía de títulos de 36 años, 6 meses y 24 días en la Categoría Primera A para el cuadro capitalino. Fue entonces cuando el miércoles 11 de julio se jugó el partido de ida en el Estadio Departamental Libertad donde finalizados los primeros 90 minutos de la serie se da como resultado un 1-1 final que deja todo abierto para el partido de vuelta.
A partir de esa fecha, vendría a Santa Fe un “flagelo deportivo” considerado por muchos aficionados como la “empatitis”; la cual se define con una serie de partidos consecutivos sin perder pero así mismo sin conseguir victorias. A partir de esa fecha, Santa Fe lograría una racha victoriosa de 4 fechas, hasta el posterior empate contra Atlético Nacional y Once Caldas; lo cual compensaría con una seria y contundente goleada de 5-0 contra el Real Cartagena. Luego de la eliminación en la Sudamericana, Santa Fe centró toda su atención en el torneo local, y logró clasificarse en las últimas fechas a la fase final, tras imponerse en el clásico bogotano a Millonarios por 1-0 en la penúltima fecha, con gol del arquero Camilo Vargas al último minuto del partido, tras un tiro de esquina cobrado por Omar Pérez. Nómina campeona en Copa Colombia 2009: Agustín Julio, Sergio Otálvaro, Andrés Felipe González, Carlos Enrique Valdés, Ricardo Villarraga, Maximiliano Flotta, Yulián Anchico, Juan Carlos Quintero, Luis Manuel Seijas, Julio Gutiérrez, Cristian Nazarit, Camilo Vargas, Jairo Suárez, Omar Sebastián Pérez, Mario Efrain Gómez, Mario Alejandro González, Daniel Alejandro Torres, Daniel Vélez, Emanuel Acosta, Francisco Pacho Delgado, Javier Arizala, Alejandro Bernal, Osneider Álvarez, Daniel Néculman, José Adolfo Trencito Valencia, Yovanny Arrechea, Diego Fernando Moreno, Misael Camargo, y Carlos Mario Castro.