En la Temporada 2002 el equipo fue reconstituido a partir de una razón social diferente y fundado oficialmente el 26 de marzo con el nombre de Club Deportivo Bogotá Chicó Fútbol Club. En el torneo finalización 2015 debió aplazar partidos frente a Deportes Tolima y Cúcuta Deportivo por arreglos en la cancha del estadio y debió jugar dos partidos ante Independiente Santa Fe y Once Caldas en el Estadio Metropolitano de Techo de Bogotá. En el Torneo Apertura 2018 el Boyacá Chicó comenzó anémicamente perdiendo cada encuentro, hasta el encuentro contra Independiente Santa Fe, en el cual ganó 3-1 en La Independencia; sin embargo, las otras fechas no se dieron y, como resultado, la crisis de puntos llevó al equipo a ser el colero de la tabla general del Torneo Apertura. Entre enero y marzo de 1884, se disputó la primera edición del British Home Championship, que hasta su desaparición en 1984 fue el torneo de selecciones más antiguo de la historia. Fue hasta la jornada 4 que el Caracas logró su primera victoria de manera poco contundente ante el Zulia Fútbol Club como local. La siguiente temporada, con la base de la plantilla intacta, excepto la marcha de Jasikevicius, el equipo consigue la Liga en una final apretada ante Estudiantes.
Al término de la temporada, el equipo que más puntos obtenga se proclama campeón de Segunda División y es ascendido, junto con el subcampeón, a Primera División. El estratega argentino en la temporada 2005 logró el objetivo de mantener el equipo ajedrezado en la primera división. En la 1998/99, los directivos Antonio Solana y Pedro Boj, que cumplían su segunda temporada al frente de la entidad, optaron por esperar un año más para inscribir a un segundo equipo en competición sénior. El 29 de agosto asumen, como presidente, vicepresidente e integrante del comité de regularización, el senador Pedro Bordaberry, el futbolista Andrés Scotti y el diputado Armando Castaingdebat, respectivamente. En el marco superior se ubica la letra B con respecto al nombre Boyacá Chicó como referencia directa al nombre del club. El 5 de noviembre de 2016, Boyacá Chicó descendió a la Primera B tras una derrota por 3-2 contra Independiente Medellín en la fecha 19 de la Liga Águila.
A pesar de clasificar como séptimo en la Copa Águila a los cuadrangulares semifinales, jugó y ganó el Grupo A sobre Patriotas Boyacá, Itagüí F.C y Expreso Rojo de Cartagena. En la Copa Colombia 2011 enfrentó en la fase de grupos a los equipos de Cúcuta Deportivo, Atlético Bucaramanga, Patriotas Boyacá, Alianza Petrolera y Real Santander. A, tras el descenso de su rival de patio Patriotas Boyacá a la Primera B para el próximo 2023, tras durar un año y tres meses en la segunda categoría. El equipo fue un digno rival a lo largo de los 180 minutos, pese a que en la ida no tuvo una buena actuación. La marca lo llama BLEEN y continúa propagándolo a lo largo de todo el mundo. Allí, el partido continuó en las mismas, hasta que en el minuto 117, Cubilla usó la pequeña distracción del defensa soviético que intentaba que el balón se fuera al saque de meta, y tras recuperar el balón rápidamente mandar un centro a la cabeza de Espárrago, quien marca el gol para el 1-0 a 3 minutos del final, clasificándose así entre los cuatro mejores del mundo. Las instalaciones deportivas de la Docta se agrupan en cuatro complejos situados en distintas zonas del campus.
El torneo también ha sido utilizado con motivos propagandísticos, tanto por el fascismo en Italia 1934 como por la dictadura militar argentina en 1978. Una parte de su impacto cultural, lo da también las tertulias existentes entre los hinchas del fútbol, antes, durante y después de cada partido, que son parte en oficinas, restaurantes y hasta en el transporte público, organizando asados, almuerzos y hasta reuniones familiares o de amigos en las casas, para esperar los partidos, de acuerdo al huso horario del país en que se efectúa la transmisión televisiva, como así también del país que la organiza. Empezó a participar en el torneo de la Primera B en la temporada 2001,con el cupo de Unión Meta que le pertenecía a Cortuluá. La temporada 2003 en la Categoría Primera B fue un éxito para el equipo ajedrezado. A partir de la temporada siguiente empezaron a competir los clubes de categorías profesionales. Esto sucedió a poco más de un mes del debut del club de Boyacá en la Copa Libertadores 2009. Días más tarde se conoció que era poco probable que el club jugará en Tunja sus partidos de la primera fase del máximo torneo de clubes en Sudamérica. En el Torneo Finalización no se logró superar esta crisis, lo que llevó a que el 26 de octubre del 2018, tras el empate 1-1 en el Estadio La Independencia por la fecha 17 contra Deportivo Pasto, se confirmara su segundo descenso.
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