Fue incluido en el mejor quinteto de rookies de la NBA de 2005 y jugó de inicio en el equipo de los rookies en el Rookie Challenge, perteneciente al All-Star Weekend de la NBA. Empezó la temporada 2005-06 con muchas dudas en la franquicia de Sacramento, y Stojakovic no quería seguir en un equipo dónde no creían en él y dónde no se sentía motivado por todo lo que había ocurrido años anteriores. Realmente una temporada fantástica de Pedja Stojakovic, que Minnesota Timberwolves se encargó de estropear al eliminar a Sacramento en semifinales de conferencia por un ajustado 4-3, además cabe señalar que perdió la final del concurso de triples contra Voshon Lenard por 2 triples, y después de 2 años seguidos ganándola, ya no ha vuelto a jugar otro concurso de triples. Después de haber podido elegir él su destino, y rodeado de jóvenes con mucho talento como el novato del año Chris Paul, Tyson Chandler y David West, y veteranos como Desmond Mason o su compañero en los Kings Bobby Jackson quien fue el mejor sexto hombre 2002-2003. Se pensaba que Pedja volvería a su mejor nivel, pero una grave lesión en la espalda le ha dejado disputar tan sólo 13 partidos la temporada 2006-2007, promediando 17,8 puntos y 4,2 rebotes.
Entonces, Kelly y Gil aprovechan su tiempo en Florida cuando deciden conocer a la familia del novio de Tori. Al final, después de 31 partidos y promediando 16,5 puntos por partido (lo que reflejaba que Pedja no estaba jugando concentrado), fue traspasado a los Indiana Pacers a cambio del problemático Ron Artest. Al final Webber fue traspasado casi a la fecha límite para realizar traspasos en la NBA y acabó en los Philadelphia 76ers. Era la oportunidad para Pedja de convertirse en la referencia de los Kings. Por tanto, habrá que esperar a la temporada 2007-2008 para ver la mejor versión de Pedja Stojakovic. Fue el segundo mejor promedio anotador de la NBA en esa temporada regular, por delante de Kevin Garnett y sólo superado por Tracy McGrady. Es el único jugador europeo en lograr ser el segundo máximo anotador de la NBA en toda la historia de la liga.
Es además, el segundo jugador de la historia de la temporada regular de la NBA en triples anotados por partido, con un ratio de 2,18 triples por partido (1760 triples anotados en 804 partidos), sólo superado por Ray Allen (2,58 triples por partido) y por delante de históricos como Reggie Miller (1,84 triples por partido). Chris Webber se recuperó de su lesión, pero Stojakovic no mantenía buena relación con él, además, su amigo Divac había sido contratado por los Lakers ya que los Kings no contaban con él. Hubo que esperar al año 2004 para ver al gran Stojakovic en acción, aprovechó la lesión de Webber para convertirse en el «jugador franquicia» de Sacramento y promedió 24,2 puntos, 6,3 rebotes y 2,1 asistencias en 81 partidos, además de conseguir un 43% de acierto en tiros de 3 puntos. Si se combina el número de triples anotados en temporada regular (quinto, por detrás de Reggie Miller, Ray Allen, Jason Kidd y Jason Terry) y en los Play-Offs, con su porcentaje de acierto en temporada regular (40,1%, mientras que los cuatro citados tienen 39,9%, 39,5%, 34,8 y 39,4 respectivamente) Stojakovic se puede considerar estadísticamente como el mejor triplista de la historia de la NBA hasta la aparición de Stephen Curry y Klay Thompson.
Entre los diez equipos que participarían en la competición para la temporada 2019 se encontraba Rogue. A pesar de estos resultados, Rogue optó por traer de vuelta a Profit y Wadid para fortalecer la plantilla de la academia, ya que no había opciones de entrar a playoffs de LEC. Asimismo, Vander volvía a LEC en sustitución de Wadid. Se entregan pocas unidades ya que no se entrega masivamente a ninguna promoción de nuevo ingreso, tan sólo como sustitución de aquellos que han quedado fuera de uso. En diciembre de 2011 anuncia su retirada como profesional, debido principalmente a las lesiones, ya que arrastraba problemas en la espalda y el cuello. Si se suman todos los triples anotados en toda su carrera, desde su debut en el Estrella Roja (1992) hasta su retirada (2011), incluyendo 2 temporadas en la Liga Yugoslava, 5 en la Liga Griega, 13 en la NBA y sus partidos con la Selección serbo-montenegrina de Yugoslavia (1999, 2000, 2001 y 2002), Stojaković fue, de facto, el máximo triplista de la Historia del Baloncesto. Ultraliga, la liga nacional polaca.
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