En la temporada 2006-2007 el FC Cartagena intenta seguir la estela del año anterior, el bloque de jugadores es el mismo, y se vuelve a intentar el ascenso de categoría pero sin éxito. El resultado fue magnífico, el F. C. Cartagena arrasó en el grupo IV de 2.ª B y quedó campeón desplegando un fútbol de superior categoría, siendo un auténtico bloque y modelo a seguir de cómo hacer bien la cosas en esta categoría. Comienza la liga de forma satisfactoria, con seis victorias consecutivas (alguna de ellas frente a rivales de categoría y rivales por el ascenso como el Albacete Balompié), situándose líder de la competición y logrando el mejor arranque liguero de la historia del Cartagena en la categoría, superando las cuatro victorias de la temporada 2008/2009, cuando se consiguió el último ascenso a la Segunda División. El equipo empeora notablemente tras estos cambios y acaba pidiendo la hora para clasificarse como cuarto a la Promoción, y con malas sensaciones empieza su andadura contra el CD Alcoyano al que elimina con 0-0 en casa y victoria 0-2 fuera, en la segunda ronda, el FC Cartagena cae eliminado por el FC Barcelona B derrota 1-2 en la ida y victoria insuficiente 0-1 en la vuelta.
Al comenzar la segunda vuelta el FC Cartagena sigue demostrando las buenas sensaciones de la primera vuelta venciendo a equipos como el Girona FC en casa por 4-1 o Rayo Vallecano a domicilio por 2-3. Finalizadas 28 jornadas, dos tercios de liga, el equipo se afianzó en posiciones de ascenso a Primera División, consiguiendo una importante victoria frente al Cádiz CF por 4-1. A falta de 10 jornadas para la finalización del campeonato (jornada 32.ª) el FC Cartagena se impuso al Real Murcia CF en el Estadio Municipal Cartagonova por 3-2, afianzándose en la segunda posición en solitario de la Segunda División. A finales de agosto de 2010, antes del inicio liguero el FC Cartagena vende al meta Rubén al Málaga CF por 1.200.000 €. Los otros candidatos a la presidencia, Arturo del Campo y Eduardo Abulafia, no obtuvieron los votos suficientes en las elecciones, por lo que se dispuso un cuarto intermedio hasta el 21 de agosto.
Además, el campeón y el subcampeón disputan la Supercopa de España, camisetas de futbol shop enfrentándose a los finalistas de la Copa del Rey de esa misma temporada. La Liga ha comunicado este jueves, además, que el Real-Mallorca de la jornada 31 tendrá lugar el sábado 12 de abril a las 14.00, en el estadio donostiarra. ↑ El partido entre Barcelona y Osasuna de la jornada 27 se vio aplazado en el calendario debido al fallecimiento, conocido poco antes del inicio del encuentro, del doctor Carles Miñarro, médico del primer equipo del club blaugrana. En la temporada 2008-2009, con Fabriciano González Fabri en el banquillo, el F. C. Cartagena finaliza la primera vuelta con 37 puntos, coliderando la clasificación junto con el Club Deportivo Leganés. El FC Cartagena se había ganado el derecho a jugar el play-off de ascenso, y era favorito para lograr el objetivo. Nada más comenzar la segunda vuelta de la liga, y con motivo del mal juego del equipo y su mala relación con algunos jugadores, el entrenador Fabri es relevado en el banquillo por el ex-internacional español y entrenador canario Paco Jémez quien clasifica al equipo para los play-off de ascenso como campeón de grupo.
En la liga, el equipo finaliza la primera vuelta del campeonato en puestos de ascenso a la Segunda División con 38 puntos. Tras una victoria por 1-2 en el Estadio Nuevo Arcángel de Córdoba frente al Córdoba CF en la jornada 39, el FC Cartagena se situó a falta de tres jornadas para la finalización de la liga, empatado a puntos con el Real Betis y con el Hércules CF en puestos de ascenso, en la pugna por ascender a Primera División. El 8 de noviembre de 2009 tiene lugar en el Estadio Nueva Condomina el derbi entre el Real Murcia CF y el F.C Cartagena saldándose con victoria del equipo visitante por 1-4 con más de 8000 cartageneros en las gradas. Finalizadas las 14 primeras jornadas del campeonato, un tercio de la temporada 2009/2010 y con una victoria sobre SD Huesca por 1-0 en el Estadio Municipal Cartagonova, el equipo cartagenero se situó líder de la Segunda División. A falta de cinco jornadas para la conclusión del campeonato regular, el conjunto departamental marchaba cómo líder de grupo. La temporada 2013/2014 se planifica con Tevenet como entrenador del primer equipo, con una plantilla mucho más austera que la temporada anterior, pero con el mismo objetivo, luchar por el retorno a la Segunda División.